Finlands sjöhistoriska museums samlingar omfattar cirka 20 000 föremål. I samlingarna finns bland annat navigationsinstrument, fyrutrustning, fartygsutrustning, miniatyrmodeller av fartyg och båtar, konst med marint tema samt sjömäns personliga utrustning. Museet ansvarar dessutom för över hundra arbets- och fritidsbåtar från slutet av 1800-talet till idag, som ingår i den nationella samlingen, samt övriga föremål med anknytning till båtar och båtliv.
En betydande del av sjöhistoriska museums samlingar består av föremål som bärgats i samband med marinarkeologisk forskning. Föremålen omfattar delar av fartyg, olika typer av last, besättningens och passagerarnas personliga tillhörigheter samt sjöfartsutrustning.
Svarande för hanteringen och överföringen av undervattensfynd till Sjöhistoriska museums samlingar är de experter vid Museiverket som ansvarar för skyddet och forskningen kring det undervattensbelägna kulturarvet, i samarbete med Sjöhistoriska museum.
Frågor och förfrågningar om föremålssamlingarna vid Finlands sjöfartsmuseum ska skickas via Museiverkets Tillstånds- och samlingstjänst.(ulkoinen linkki)